1917年6月，黎元洪解散国会。7月，孙中山南下广州护法，林森和一部分议员响应孙中山号召，聚集广州。8月，在广州举行非常国会，选孙中山为护法军政府大元帅，林森任大元帅府外交部长，并赴新加坡等地募集经费。 　　 　　 　　 　　1918年5月，西南军阀排挤孙中山，改组军政府。孙被迫离粤赴沪，林森是拥护孙中山的少数议员之一。10月，非常国会选举他为参议院院长，并兼宪法会议议长。1919年，林森主持重修黄花岗烈士墓，编纂《黄花碧血集》。 　　 　　1920年春，桂系军阀停发国会维持费，广州非常国会无法开会，林森等议员离粤赴沪。11月，援闽粤军回粤，驱走桂系军阀，孙中山及国会议员相继回到广州。 　　 　　 　　 　　1921年1月，非常国会复会，推林森为议长。5月5日，孙中山就任非常大总统，林森代表国会向孙中山授印并致词。10月，孙中山启程前往桂林筹备北伐，林森留守广州，代行大总统职权。 　　 　　 　　 　　陈炯明叛变后，孙中山领导的第二次护法斗争遭到失败，林森回到福州。1922年11月，林森经孙中山推荐，出任福建省长。此时，北京政府则委萨镇冰为福建省长，福建总司令王永泉等策动「倒林拥萨」，林森于1923年2月辞职，退隐青芝寺。 　　 　　 　　 　　1922年2月，孙中山重回广州，被推为海陆军大元帅，林森被召回大本营任建设部长兼治河督办。 　　 　　 　　 　　在孙中山实行「联俄容共」时期。中国国民党召开改组特别会议，组成临时中央执行委员会，负责筹备改组国民党事宜。林森是该委员会九人成员之一。1924年1月，中国国民党第一次全国代表大会在广州举行，林森是大会主席团五人成员之一，在这次大会上，他被选为中央执行委员，会后被任命为国民党中央执行委员会海外部部长。 　　 　　 　　 　　1925年3月，孙中山病逝，林森赴北京主持祭葬事，负责踏勘南京陵地及总监修工作。7月，广州国民政府成立，林森被选为常委。8月20日，廖仲恺被刺，林森通电要求缉拿凶手，组织特别法庭审理，他被指定为特庭首席检委。9月18日，他代表国民政府率国民外交代表团赴北京与段祺瑞政府继续谈判召开国民会议事宜。11月，在邹鲁、谢持的纠集下，林森等在北京西山碧云寺召开所谓「国民党一届四中全会」(史称「西山会议」)，林森是这次会议的重要人物之一。他多次担任会议主席，并被推举为西山会议派的中央常委兼海外部长。次年元旦，国民党「二中全会」召开，通过《弹劾西山会议决议案》，邹、谢被开除党籍，林森等受警告处分。不久，林森赴南京主持中山陵建设。 　　 　　 　　 　　1927年9月，宁、汉、沪三方合流，在南京成立特别委员会，林森是委员之一。次年1月，林森被推为国民政府常务委员，9月，任国民党中央政治会议委员，10月，就任国民政府立法院副院长。民国18年1月，国民政府特任林森为侨务委员会委员长，3月，在国民党三中全会上被选为监察委员。 　　 　　 　　 　　1931年2月，林森赴菲、澳、美、英、德、法诸国，慰问侨胞，并视察党务。3月，他还在国外，国民党中央常委会选他为立法院院长。4月，国民党中央4名监委通电弹劾蒋介石，林森虽在国外，也列名其中。 　　 　　 　　 　　1931年12月，蒋介石下野，林森被推为国民政府代理主席。国民党召开四届一中全会，选举林森为国民政府主席，并确定主席为国家元首，不负实际政治责任。林森于1932年元旦就职。此后，国民政府虽多次改组，林森一直担任国府主席至其病逝。 　　 　　 　　 　　「一·二八事变」后，国民政府迁都洛阳，林森主持召开国难会议，强烈抗议日本承认伪「满洲国」。在1935年11月召开的国民党第五次全国代表大会上，林森被推选为常务监察委员。西安事变发生时，林森代理中央政治委员会主席，明确表示「讨伐令不可下」，力主和平解决，且认为「张学良部队是爱国的」。事变和平解决后，他于1936年1月4日、2月18日，以主席名义连下赦免令、复权令，但蒋介石拒不执行，仍长期幽禁张学良。

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